Beranjak dari penjelasan diatas, pada Ditjen Bimbingan masyarakat Islam khususnnya bagian keuangan masih memiliki banyak kendala yang dialami. Salah satu kendala yang dialamai adalah rendahnya pencapaain target realisasi anggaran pada triwulan, terlambatnya proses pengajuan SPM dari unit eselon II kepada unit Eselon I dikarenakan terkendala banyaknya kegiatan ataupun program yang sedang dilaksanakan, serta sering terjadinya roling atau mutasi mulai dari level staff sampai dengan pimpinan