Untuk mendukung program tersebut MTsN 3 juga mengadopsi beberapa program seperti penggunaan Learning Management System (LMS) schooology untuk pendidik dan peserta didik. Selain itu juga MTsN 3 mengadopsi program yang dicanangkan oleh 3 Dinas Pendidikan DKI Jakarta melalui aplikasi sekolah.mu yang dinamakan dengan program blanded learning, yaitu program yang memadukan pembelajaran langsung (syncronus) dan tidak langsung (asyncronus), yang mana dalam aplikasi tersebut banyak pelatihan-pelatihan yang dapat diikuti oleh pendidik untuk mendukung pembelajaran jarak jauh (PJJ). Sebagai instansi Pendidikan MTsN 3 Jakarta juga melakukan inovasi berupa bentuk Kerjasama antara pendidik dan orang tua murid, dengan memfasilitasi setiap kelas dengan zoom premium yang dapat diakses oleh pendidik dan peserta didik. Dimana siswa setiap hari efektif KBM stand by pada aplikasi zoom tersebut mulai dari pukul 07.00 WIB sampai dengan jam 11.45 WIB, hal ini guna memaksimalkan program blanded learning yang diterapkan di MTsN 3 Jakarta.