Pengujian halal dengan basis protein termasuk dalam ruang lingkup pengujian terbaru, menggunakan instrumen alat generasi terbaru juga yakni Liquid Chromatography ± High Resolution Mass Spectrometry (LC- HRMS) yang belum banyak digunakan di Indonesia. Pengujian halal berbasis protein menggunakan marker spesifik berupa sekuen peptida / urutan asam amino, dimana setiap spesies hewan memiliki urutan asam amino yang berbeda sehingga dapat digunakan sebagai pembeda (von Bargen, 2013). Dalam kajian halal, pengujian dititikberatkan untuk melihat ada atau tidaknya marker peptida spesifik babi, baik yang berasal dari daging, darah, tulang maupun bagian tubuh babi yang lain. Uji kehalalan dengan protein memiliki keunggulan dibandingkan dengan pengujian berbasis DNA yakni dapat mendeteksi keberadaan babi pada produk-produk dengan kandungan DNA rendah yakni produk highly processed seperti marshmallow dan produk-produk lain berbasis gelatin. Selain itu, pengujian halal dengan basis protein dengan LC-HRMS juga memiliki spesifitas serta sensitifitas yang lebih tinggi dibanding metode DNA karena tingginya resolusi alat instrumen yang digunakan (Windarsih, 2022).